天后宮於大正12年(1923)建廟竣工後，由臺廈郊眾鋪戶敬獻「帡幪臺廈」匾。清代台灣的商戶為了確保各行業之利益及排解同行間的糾紛，多結合同業來組織商業團體，這種商業團體稱為「郊」。所謂台廈郊即是貿易於台、澎、廈門間的商人在澎湖所設立的商業團體。道光年間，澎湖郊曾捐金興修北港水仙宮，澎湖的郊商組織應更早於此之前。然臺廈郊於1885年清法戰爭澎湖之役，公賬，建家屋契字等簿一切均遭焚毀破壞。爾後，雖重新稟官存案再行辦理，1895年清日乙未戰爭，澎湖又輪為戰場，臺廈郊諸項業務又告廢停。直至明治33年(1900)年媽宮郊商再次整頓臺廈郊業務，並奉天上聖母為主神，每年輪當爐主二名，分上下期辦理。其會館設於今日水仙宮。
(二)黃良木雕
黃良，福建泉州人，以雕琢花鳥人物細緻聞名，同時擅長唱曲及吹奏南管八音。大正12年（1923），前來澎湖參與天后宮重建工程鑿花工作。正殿門扇上的四季花鳥木雕屏堵，外層雕鑿花鳥，內層鑿卍字盤長圖。此花鳥栩栩如生，構圖嚴謹繁複，足見刀工之細膩精湛，作品尚題有「鳳凰富貴長春圖」、「雪中小萼見英雄」、「雪落蒼松鶴步遲」與「秋深百舌弄蜻蜓」、「花中君子喜鴛鴦」等文句。天后宮修建完畢後，黃良留在澎湖陸續參與其他廟宇修建工程，如媽宮城隍廟、白沙赤崁龍德宮等。黃良落腳澎湖期間，收了數名澎湖子弟如黃玉瑤、蔡攑等人，又各自授藝，遂黃良一派人數頗眾，自成師系，影響澎湖鑿花界深遠。皇民化運動期間，澎湖地區宮廟宇修建工程被禁，黃良感於工作機會頓減，便於昭和11年 （1936）轉往臺灣本島發展，兼教戲曲為生。
正殿
(一)功庇斯文
本匾為黑底金字陰文，係開澎進士蔡廷蘭於道光24年（1844）進京參加會試（當時44歲），賜進士出身。26年（1846）回鄉祭祖，並在雙頭掛舊宅旁建「進士第」，適逢天后宮於道光25年（1845）重修完成，為感謝媽祖庇佑學子，獻上此匾。目前懸掛於正殿左側。
(二)天后宮改築工料捐題碑記
＜天后宮改築工料捐題碑記＞有「クウオ出張所澎湖勤務者一同進寄南洋大木十本，一新社寄進彩畫大中樑三本」之語，即為林介仁所謂的「僑客采取殷勤大木運來成巨室」。大正初年澎湖遭逢 70 年來的大饑荒， 1917 年 5 月，相川茂鄉廳長巡視直轄各區域內，到處垂詢窮黎被災救恤狀況，並向各保正等訓示，此次募集本廳人夫，往南洋波羅洲事件，甚望殷勤獎勵，父詔其子，兄勉其弟，赴當地以圖發展。從鍾淑敏的研究，1917 年6月，澎湖島募集前往北婆羅洲久原農園的勞工 153 名（含監督者林貢等 3 人），於 3 日從基隆搭乘「汐首丸」出發。這批開墾南洋的澎湖先鋒出發之前，各外出者之親族都舉行盛大之歡送宴；乘船之日媽宮街各廟都出神轎，到碼頭相送者聚集如山。僑居婆羅洲的澎湖仁聽聞故鄉天后宮改建之舉，故寄附南洋大木，聊表對媽祖的崇敬與對故鄉的思念。而此碑所保留的文字， 恐怕也是日治時期台灣澎湖居民拓墾南洋唯一的歷史見證。
神龕
「與天同功」匾
依據李建緯老師《歷史、記憶與展示: 臺灣傳世宗教文物研究》一書：全台共計有26塊的「與天同功」匾，澎湖天后宮所見之「與天同功」匾，匾面共有十三條金龍，傳世品罕見此形式，而中央璽印所書「御賜之寶」，也與目前所見「光緒御筆之寶」的格式明顯不同，並將此匾歸類為「字體與御匾相似或現代重修之匾」。此匾之脈絡可與現有澎湖天后宮三川門對聯相對照：
上聯：聖功與天同四十年前御賜匾文於今尚在
下聯：母德堪地配三百載後舊遺廟貌此日重新
後殿
(一)臺灣第一古碑「沈有容諭退紅毛番韋麻郎等」
1604年8月，荷蘭人韋麻郎（Wybrand van Warwijck）等抵達澎湖，派人至福建請求互市。明朝當局無意與荷蘭進行貿易，指派沈有容帶領兵船五十艘（約兩千人），於同年11月18日抵達媽宮會晤韋麻郎，要求撤出澎湖。韋韋麻郎因互市無望，兵力亦相差懸殊，於同年12月15日離開澎湖。此碑為何人所立，不明。
(二)清風閣
澎湖天后宮後殿清風閣，為天后宮1923年改建之二層樓加護室之建築，又名公善樓。此地是早期地方仕紳籌畫公益事業，教授漢學或澎湖文人聚會之所。《開臺澎湖天后宮志》便言陳梅峯於此留有大正丙寅年（1926）教授漢學的對聯：「文教振瀛壖是經是營重見鳳棲手造 風雲致霖雨既霑既足欣占魚梦躬親」。另外：「清氣得來新處萃 風光不與昔時同」，相傳此聯為媽祖降鸞時所撰，亦為大正丙寅年（1926）年之作品。天后宮曾於1926成立鸞堂：修身社勤善堂，由於正殿奉祀媽祖諸神，文人以清風閣為扶鸞地點相對隱蔽，也可避免對正殿祭祀的干擾。昭和8年(1933)10月，林獻堂遊歷澎湖。10月4日上午，林獻堂在郭禮、高順賢陪同下，拜訪陳道生、蔡獎、吳爾聰、王興武、戴耀閭、郭遠、大磐誠三廳長等人。次觀媽祖宮、城隍廟、觀音亭、文石書院等處。晚間六時澎湖諸人於天候宮清閣風設宴歡迎林獻堂，由陳梅峰作主人代表述歡迎辭，出席者：郭禮、吳爾聰、蔡獎、戴耀閭、王興武等四十八人，熱鬧非凡。二次戰後，一渡輪為羈押政治犯的獄所，一般人難以近窺。
