從古至今，宗教信仰一直是華人社會中不可或缺的一環，與民眾的生活也是密不可分。而澎湖的常民文化與周遭環境有關，居民多半從事漁業活動，面對著變化無常的大海，所展現出澎湖人的堅韌個性，勇於大自然的挑戰與不妥協，相對的對天地自然的崇拜信仰也越更深固。根據民政局2007 年澎湖寺廟教堂數統計，全縣97 個村里有198 座登記有案的廟宇、佛寺、教堂，廟宇密度是全臺之冠。其中奉祀主神為王爺共32 座，其次是觀音菩薩、文衡聖帝（關聖帝君的儒家稱謂）、福德正神（土地公）、關聖帝君、玄天上帝、保生大帝、天上聖母（媽祖）、中壇元帥等各具信眾。而與海龜相關之信仰如下：
乞龜習俗
澎湖縣的乞龜祈福儀式，是元宵節重要活動之一，俗稱「北天燈、南蜂炮、東寒單、西乞龜」。「乞龜」意即乞求神明賜龜。澎湖乞龜習俗由來已久，據清代舉人林豪著「澎湖廳志」引清朝澎湖通判胡建偉著「澎湖紀略」記載：「各廟中張燈，男女出遊看燈。廟中紮有花卉、人物，男婦有求嗣者，在神前祈杯，求得花一枝或麵龜一個，回家供奉。如果添丁，則明年元宵時，倍數酬謝。」此習俗相沿到現在，並不限於求子，男女老少皆可乞龜求平安，而且不必「倍數酬謝」。只要在廟裡選好適合的「龜」，再擲筊請示神明“加心願”獲准，並向廟方登記，即可帶回家中供奉後食用。唯一條件是明年的元宵節必須還龜，即訂作一隻份量大於今年取走的那一隻龜，送回廟裡酬謝表達對神明的心意，而“加心願”也可以說是一年的「利息」。以前農業社會，鄉里居民互相熟識，互信度高，加上人心單純，在乞龜與還龜的同時，沒有任何擔保品或借據，這項傳統仍沿襲至今日，也彰顯了人性可貴的一面。
開臺澎湖天后宮於1989 年首創使用小包裝10 台斤的白米堆砌成巨龜，曾堆疊重達36 萬斤大米包龜挑戰全世界最大米包龜金氏世界記錄。這些被善心人士乞得的平安米，配合賑濟低收入戶的活動，使原本「乞龜」祈求自身及家人吉祥平安的利己行為，轉化成「社會救助」的利他義舉。時至今日，每年元宵澎湖全縣大大小小的廟宇中都有各式各樣的乞龜活動。龜除了代表著神明的保佑，平安龜也融入了澎湖人的生活中。
玄天上帝
對玄天上帝的信仰最初是源於古人對北極星的自然崇拜，之後因被賦予各種不同的傳說，而成為廣受人們崇信的航海神、水神、小兒保護神及屠宰業的守護神。我國民間信仰自古以來就有天人感應的思想，人們相信天上星宿的運轉和人類的命運息息相關，而在諸星運轉中唯有北極星永恒不動，於是便將北極星神格化，奉為北斗星君，是星辰神袛中最尊貴的，因其居住北極，多奉祀在北極殿，為「北極大帝」稱呼的由來。而玄武是二十八宿之中在北方拱護著北極的七個星宿群，北方屬坎卦而司水，又是河、海之源，故出洋者與漁民視玄武為保護神。另有一則流傳於閩、臺的傳說，訴說著真武( 即玄武大帝) 原本是一個屠豬為業的孝子，在晚年時開悟殺生罪孽，於是往武當山求道，在路途上遇到產育婦女要求真武為她清洗產後汙物，他毫不猶豫便到河邊清洗，不料河水竟因而變黑，他以為是自己殺生過多所致，體會殺生罪大，於是自剖腹將腸肚投於河流。之後真武成仙，而其當年棄之腸肚卻分別成龜妖（肚）與蛇妖（腸），真武便下凡收妖，降伏他們為部將。
明代以來，玄武信仰最突出的變化是他腳踏的龜、蛇也被人格化為兩個神將。在玄武升格玄天上帝之後，龜蛇和本神，進一步分離，成為三個獨立主體，各自確定了獨立的神格。龜、蛇二將成為玄天上帝的部將，成為代表水、火的坎、離之神。也因此玄天上帝塑像的基本造型多為右手執七星寶劍，左手印訣，一指向天；左踏龜，右踏蛇，或立或坐。其右手所執七星劍，表示掌管北方七宿，拳握斬魔大權；而左手印訣，一指向天，則表圓道之意。因為傳說的不同亦有做帝王裝扮者，但左踏龜、右踏蛇之姿則不變。由此處得知玄天上帝本體與龜之間密不可分之關係。漁民信仰玄天上帝也由此確立，並相信龜為玄天上帝的“腳力”，不可隨意侵犯褻瀆，以免觸犯神明。根據中華道教玄天上帝弘道協會的資料統計，澎湖地區玄天上帝寺廟共有15間。
